A limpeza deve ser diária e meticulosa das coelheiras, além da desinfecção periódica. Nos serviços de rotina devem ser levados em conta os seguintes fatôres: combate às moscas e ratos, muitas vezes responsáveis pela transmissão de várias moléstias e preservá-las de môfo e bolores na ração.
A desinfecção periódica deve ocorrer quatro vezes por ano. Há dois métodos: promover a queima da gaiola com o uso dee lança-chamas a gás; ou pulverizá-la com produto desinfetante (vendido em lojas de agropecuária).
Também o estêrco do coelho, responsável muitas vezes pelo aparecimento de doenças, deverá ser guardado em esterqueiras próprias. Apesar de ser execelente adubo, nunca deverá ser aproveitado nos terrenos destinados á plantação das verduras e forragens destinadas aos próprios coelhos, pois, em caso de moléstia, tal como a coccidiose, seria muito fácil a sua disseminação entre os animais.
Não esqueça de vacinar os animais contra a pasteurelose (necessária) e mixomatose (só em lugares ou zonas infectadas), as doenças mais comuns verificadas em coelhos. A profilaxia contra as sarnas é obtida através da higiene
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